Né un 20 janvier 1984 en France d'un père français et d'une mère tunisienne.

Stéphane Houcine Naer déménage avec sa famille en suisse à l'âge de sept ans.

Il commence sa carrière professionnelle avec FC Saint-Gall et FC Vaduz. Après un passage au FC Coire 97 et au GC Biaschesi, il rejoint le FC Schaffhouse pour deux saisons où il y porte le brassard de capitaine.

Durant l'été 2010, il signe au Servette FC pour une saison et prolonge pour une saison supplémentaire durant l'été 2011.

Le 31 mai 2012, il quitte le Servette FC pour rejoindre le FC Saint-Gall, où il signe un contrat de trois ans.

Le 7 juillet 2014, il quitte le FC Saint-Gall et la Raiffeisen Super League où il a jusque-là réalisé toute sa carrière pour rejoindre le Club africain, avec qui il signe un contrat de deux ans.

Le 4 juillet 2016, il quitte le Club africain pour l'Étoile sportive du Sahel. Après trois ans passés en Tunisie, il revient en Suisse pour signer un contrat de deux ans avec le FC Rapperswil-Jona.